在周道儿三岁时，某夜村里来了一群倭寇，他们烧杀抢掠，无恶不作。抢走了村里的钱财和粮食，临走前杀害了全村的人，一把大火烧了村庄。（背景是嘉靖倭乱，倭寇53人横行明朝三省共80余日，经历八郡，转战三千里，杀死杀伤人员四五千人，包括明朝一御史、一县丞、二指挥、二把总。）
周道儿因被其母亲带去外婆家，幸运的躲过一劫。为了生计，母亲带着他在外婆家里住了下来。
随着周道儿逐渐长大，知道了倭寇屠村之事，性格便愈发孤僻，平日里也少与同龄人玩耍，独来独往是常态。因为是外来户，主角和母亲总会遭到村里人的风言风语，说他们是灾星，毁了自己村子，又来祸害他们村子。母子二人也曾遭受村中恶霸欺负，随着周道儿的长大，恶霸事件逐渐平息。
周道儿在十二岁总角之年，在外公的极力维护之下，进入了村里的习武堂，跟着村里的武师踏上了武功修炼之路，学习了无名功法，学会了刀、枪、剑等多种武器的使用。
在习武堂，他认识了人生中的第一位师傅心蕊，这位师傅其实是江湖上亮杀门的金牌“亮杀”（即是有正义感的刺客，专杀倭寇和作恶之人），因为偷看到门主与倭寇串通一气，谋杀富商夺取钱财。后被门主发现，并且被一路追杀躲藏于此。后来为了躲避追杀，再次离开村庄，踏上了逃亡之路。
在周道儿与心蕊相处的短短几年内，心蕊为周道儿打开了武学世界的大门，周道儿第一次了解到武学的不同境界。通玄境、练气境、真元境、融元境……
并且心蕊在临走前，将自己的绝学传给了周道儿，让其日夜修炼，但不到大成之日，不可在人前显露，以免招来杀生之祸。
由于明朝的闭关锁国政策，致使整个国家倭寇横行，村子也会不时遭受到倭寇袭击，十八岁周道儿主动请求加入了村中的护卫队。

待及冠之年（二十岁），周道儿略显黝黑的皮肤下，有着健硕的肌肉。在村长的极力推荐之后，与同村伙伴踏上了燕云十六州大陆的金陵城，学习高等武学之路。
在金陵城的武馆中，周道儿拿着村长的推荐信，但是由于周道儿家中穷困，虽然有推荐信，馆主迫于表面工程，还是暂时将周道儿他们收入武馆。但是周道儿一直没有“人事”来孝敬馆主，最终在武馆的“好意”为难之下，被迫离开了武馆。
同村伙伴有几人颇有家资，和周道儿这群穷苦人家子弟一直不对付，在孝敬馆主之后得以在馆内学武。同样和主角一样没有“人事”孝敬的伙伴，周乾和王立二人，也在主角离开之后，在武馆“好意”为难下，相继离开了武馆。
离开武馆的周道儿，迫于生计。凭借着有着一把力气，在城内铁匠铺做起了学徒。在周道儿卖了两年力气之后，铁匠大师终于愿意教授他真正的炼器之道。这段时间，周道儿的聪慧好学，让铁匠大师对其颇有好感。铁匠大师在感叹自己儿子不学无术，自己的弟弟又心怀不轨，于是果断将自己的炼器之法尽数传给了周道儿，这一段学艺时光，也是周道儿较为快乐的人生历程。
后来不到一年的时间里，武馆馆主觊觎铁匠大师的手艺，想要将其招入麾下，铁匠大师誓死不从，被自己的弟弟谋害之后，铁匠铺最终落入了武馆之手，但是铁匠大师的炼器心得和炼器三十六卷却下落不明。
原来这些珍藏的炼器秘籍，早在半年前，铁匠大师就把这些秘籍秘密的传给了周道儿，让其好生保管。并且吩咐周道儿，一旦铁匠大师自己出事后，立马带着这些东西，前往蓬莱仙境的药王谷投靠他的好友薛神医。
在铁匠大师被其弟弟，在中秋团圆之夜用毒酒毒死之后，周道儿连夜带上铁匠大师的炼器心得和炼器三十六卷踏上里前往药王谷之路。铁匠大师的弟弟因为找不到铁匠大师的秘籍，被武馆认为是私自藏起来了，结果被武馆之人杀死，最终铁匠铺的控制权完全归于武馆了。

周道儿在逃往药王谷的过程中，路上遇到了同村的周乾和王立二人。原来他们在离开武馆之时，无意中发现武馆馆主与倭寇有所往来的书信，了解到馆主和倭寇勾结，要逐步控制整个金陵城，逐步蚕食，继而达到控制整个国家的目的。
后来他二人在机缘巧合之后，加入了扶天帮。原来这帮人也是被倭寇掌控的势力迫害且走投无路之人，然后无奈选择在石头山落草。于是他们专门打劫倭寇掌控的货车车队，一方面为了谋求生计，一方面也为了打击倭寇势力。
扶天帮把打劫来的物资，一部分供帮派内使用，一部分散发给附近穷苦的民众。扶天帮曾经联合过金陵城的衙门，想到内外联合，把倭寇势力一举扫灭。但是没想到的是，金陵城的衙门也被倭寇势力收买，最终扶天帮被打的只能躲在石头山上不敢轻举妄动。
周乾和王立是扶天帮负责观察山下过往客商、货车的哨兵，没想到今夜遇到了自己的老乡周道儿。于是邀请周道儿上山面见扶天帮帮主石头大王，于是双方就消灭金陵城的倭寇势力达成一致。周道儿去药王谷搬请救兵，扶天帮也在此期间，让在外的帮众回帮，计划结合双方之力，一举扫清金陵城的倭寇势力。
周道儿辞别周乾和王立，下了石头山，一路直奔药王谷。路上周道儿心中回想自己的人生经历。家人、恩师被倭寇所杀，家园被毁，人心叵测，自己寻求武艺之路，多数被倭寇掌控的势力打压的喘不过气。同时也窥见人性的黑暗，世道的险恶。
这一夜之间，周道儿仿佛瞬间长大，他决心要消灭国内的倭寇势力，为家人，为恩师，为受苦受难的兄弟姐妹，积攒多年的怒火，在此刻一起涌上心头，在夜空皎洁月光的照耀之下，疾行的身影竟然如此高大。
周道儿进入药王谷后，药王谷谷主薛神医正在研究倭寇凝僵还魂之法。一听说老友铁匠大师被倭寇势力杀害，悲怒交加，欲即日起兵攻打金陵城，其义子牛天也愿全力支持，他修炼的无击槌法颇有威名，自是信心满怀。但被其女儿梅花小姐极力阻拦，冷静的分析了目前的敌我情势，认为此刻还不具备攻打金陵城的时机。
原来梅花小姐是药王谷的风堂堂主，负责收集外界情报。牛天是火堂堂主，负责药王谷的武力护卫。虽说如此，梅花小姐的梅花破魔枪却远胜牛天的无击槌法，在武力和策略上，梅花小姐都远超牛天，因此也是药王谷内定的下任谷主传人。但是兄妹二人都无心继承本谷医术之道，这是药王谷主一块心病。
当周道儿讲到有石头山的扶天帮为盟友之时，梅花小姐还是连忙摇头。梅花小姐与周道儿详细的分析了倭寇的真实势力。
倭寇联合高丽剑士，同时勾结国内诸多势力，占据中原武林大部分势力。
南疆的武林泰斗兰若寺，已经在倭寇的侵略下，被邪恶的倭寇苦行僧掌控，已然名存实亡了。
西域的天竹教鬼神墓地，被高丽花郎剑士通过金钱和美色的诱惑下，使天竹教教众反水，不到一年时间，西域之地尽数被倭寇掌控。
北境的桃花坞，也因势单力孤，被倭寇强力围攻下不支，桃花坞主被迫逃亡。
中原三域之地已尽数落入倭寇之手，凭借药王谷和扶天帮之力，目前依然无力与其抗争。
周道儿此刻也终于完全了解到倭寇势大，不可力敌。梅花小姐随后安慰周道儿，即使倭寇势大，我们也不是完全没有胜算。
东海的昆仑宫，是中原剑道的第一大派。因为门派掌门蒙恬的突然消失，再加上倭寇横行中原，昆仑宫一直是隐世门派，不参与中原世界的纷争。
梅花小姐说如果能够联合昆仑宫，加上药王谷的倭寇凝僵还魂之法。（倭寇凝僵还魂之法：通过给死去的倭寇服用药王谷主薛神医炼制的还魂丹，便可通过药物控制倭寇死尸，即凝僵），这将是一股有着无限潜力的生力军，源源不断的为盟军补充战力。
说道此处，梅花小姐顿了一下。光靠外力企图彻底消灭倭寇还不行，需要里应外合方才有更高的胜算。
梅花小姐早年间曾进入一个山洞（即：狮驼岭）寻找药材，在洞中见到一群受伤的黑熊。梅花小姐心地善良，偷偷的给这群黑熊治疗，并且带来食物喂养这群黑熊。等这群黑熊伤势好了之后，才知道它们是黑熊精一族，擅长幻化之术。
梅花小姐准备去拜访黑熊精一族，让其使用幻化之术，打入金陵城的权利中心，逐步取得城镇中倭寇的信息和部分权利，为日后的大举进攻金陵城打好前提基础。这样里应外合，方才有胜算。
听到梅花小姐如此安排，周道儿心中暗道这梅花小姐不简单，也是如此安排，方才有所胜算。
如今交给自己的任务，就是寻找隐世门派昆仑宫。此刻的周道儿，因为数年如一日的练习恩师心蕊的昆仑阴阳剑，已然大成，达到一念通天的境界。
周道儿因为继承了铁匠大师的炼器之道，临走前帮药王谷炼制大批的武器，大大充实了药王谷的武力。

在周道儿寻找昆仑宫的过程中，途径秦皇古墓时，遇到大批剑客的袭击。原来这批剑客一直觊觎墓中的宝藏，所以集结了大批的剑客，进入古墓中寻找宝藏。就在周道儿被大批剑客围杀，生死存亡之际，被一位黑衣神秘人救走。
在秦皇古墓内的洞中，周道儿躺在不断闪烁的火光前，昨夜救他的黑衣人背对着周道儿。突然神秘人动了一下，然后冰冷的说，石台上有热汤药，喝了吧。随后语气更加冰冷的问周道儿，怎么会昆仑宫的秘法昆仑阴阳剑。
周道儿感觉到这个神秘人没有恶意，并且还救了他，便把恩师心蕊传授剑法之事如实相告。神秘人听后一阵震惊，原来这个神秘人不是别人，正是昆仑宫哪位消失的神秘门主蒙恬。
蒙恬这些年一直被这群剑客困于秦皇古墓，一直守护着秦皇古墓，无法返回昆仑宫。
蒙恬顿了一下随后又讲述到，原来周道儿的恩师心蕊是蒙恬最得意的弟子，说起来蒙恬还算是周道儿的师祖。讲到心蕊，蒙恬双眼放出了光芒。
心蕊原是昆仑宫的大师兄，其天赋之高连蒙恬也赞赏不已。十六岁的心蕊便达到了天人合一境界，领悟了剑气，是门派百年以来，除开派祖师太极玄之下第一人。受到门内的极大重视，大量修炼资源向其倾斜。
木秀于林风必摧之，越是天赋极端高的人对此感受越深。当时蒙恬处于闭关之中，心蕊被门内长老陷害，说心蕊是倭寇的间谍，无奈之下只能被迫离开门派。蒙恬出关之后清理了门内陷害心蕊的长老，并且出来寻找心蕊多年，杳无音信。自己却反被困于秦皇古墓，如今得见周道儿也算一件幸事， 蒙恬听闻周道儿欲联合昆仑宫消灭倭寇势力，大力支持，将象征昆仑宫掌门身份的昆仑令牌交给了周道儿，让其凭借此令牌调用昆仑宫人马，同时告诉了周道儿昆仑宫的隐匿地点。原来是在东海南部的一个小岛上。
周道儿在蒙恬的秘密护送之下，从秦皇古墓中的密道偷偷逃了出来。蒙恬担心秦皇古墓外的剑客伤害附近的百姓，便留在此处牵制他们，并且等周道儿带领昆仑宫弟子，回来消灭这群剑客。

周道儿带着蒙恬给的昆仑令牌踏上了寻找昆仑宫的旅程。根据蒙恬的说明，周道儿找到了隐世门派-昆仑宫。

到昆仑宫之时，已经是鹅毛大雪之际，看到一个人跪在大门紧闭的宫门前。周道儿满怀好奇之色上前查看。经过一番询问之后，没想到跪在门前之人，竟是自己的武学启蒙恩师，曾经的昆仑宫大师兄心蕊。
心蕊这次前来，本意是祭拜被埋葬在宫门后山的父母，尽人子之道。但是由于早年心蕊被陷害，擅自叛逃宫门之事，一直不被宫内长老接纳。再说如今掌门蒙恬下落不明，宫门无人愿意放心蕊进宫祭拜。眼看明天就是其父母的祭日，心蕊心急如焚。
于是周道儿便上前叩拜宫门，说带有蒙恬的口信，要亲自传给宫门大长老。
宫门大厅，周道儿将蒙恬目前被困在秦皇墓地的事，并且将蒙恬告诉他的八字宫门密令也说了出来，诸位长老才相信了周道儿的话。并且对周道儿传信之事感激不已。
此刻，周道儿故意说起来了宫门口跪着的人，装作不知的问他是谁，为何长跪于宫门前？这时，脾气火爆的七长老对周道儿说，宫门跪着之人是门内叛徒，看在掌门蒙恬情面上，不杀已经大恩，还敢奢望进宫门祭拜先人。
然后周道儿细说了心蕊的过往经历，加入亮杀门，专杀倭寇和作恶之人。讲述了蒙恬对心蕊的评价，回忆了心蕊为了保护村子，击杀了诸多倭寇。以上种种，足以证明心蕊不是串通倭寇之奸细了。并且说出自己的心蕊的弟子，今日想为师傅讨回一个公道，让师傅有一个作为人子的尊严。
七长老脾气火爆，一脸不屑的说，想讨回公道，要有实力。你说你是他的徒弟，若能在我手中撑过十招，我们便让你师傅祭拜父母，若是撑不过，即使你帮了我宫门，也别想插手我宫门内之事。
周道儿当下冷冷的说，七长老不用以辈分看武学修为。今日七长老若能在我手中支撑三招，我和我师父立马就走，此生绝不再踏入昆仑宫半步。
最终周道儿凭借精湛的武学，三招之内打败了七长老。与此同时，周道儿方才拿出象征掌门身份的昆仑令牌，周道儿展露出的极高武学造诣和借助昆仑令牌之威，周道儿终于折服了七长老和宫内诸位长辈，为师傅心蕊赢得了祭拜父母的机会。
第二日，周道儿陪着师父心蕊一起祭拜了其父母。祭拜之后，心蕊说等和周道儿一起消灭倭寇势力之后，就隐居宫门，一辈子陪在父母身边。

昆仑宫事宜处理完毕后，周道儿凭借昆仑令牌，和师父心蕊率领昆仑宫诸位长老和弟子，踏上了营救蒙恬和剿灭倭寇的征程。
在秦皇古墓，时隔多年，蒙恬和心蕊师徒二人终得相见，两人一阵感慨，心蕊更是跪在蒙恬面前，尽显伤心之情。
在昆仑宫的强大攻势之下，秦皇古墓的剑客被消灭殆尽。
蒙恬因为离开宫门日久，眼下倭寇作乱，自己需要返回宫门镇守。于是辞别了周道儿和心蕊，并且吩咐宫内的长老和弟子，皆听从周道儿的调遣，是从心底认可了他的这位“徒孙”。并且吩咐心蕊，消灭完倭寇之后，记得回来看他这个老头子。

周道儿和心蕊率领昆仑宫众人来到药王谷时，梅花小姐告知了一个惊天的消息，丢失的中原神器昆仑日剑出现在金陵城。这个消息是梅花小姐派遣已经打入金陵高层的蓝心传回来的。十日后，在金陵城宝丰拍卖行对此物进行拍卖。
经过商量之后，周道儿、心蕊、梅花小姐和昆仑宫七长老乔装打扮进入城中，参与此次竞拍。计划在拍卖关键时刻，动手抢夺神剑，把金陵城搅乱。同时，潜藏在金陵城的黑熊精一族控制东门，药王谷、扶天帮和昆仑宫众弟子，在周道儿他们动手当晚，分别同时进攻金陵城的南门、西门和北门。
计划商定，各方依计而行。在周道儿和梅花小姐他们在拍卖行时，突发意外的是，周道儿的师傅心蕊被主持拍卖会的主持人认了出来。
由于心蕊早年曾加入亮杀门担任金牌亮杀。主持本次拍卖会的，是拍卖会的李掌柜，但是其真实身份是亮杀门的门主-西域魔人，他们早和倭寇联合，妄图瓜分中原之地。
结果没等到周道儿他们抢到神器昆仑日剑，便和他们打了起来。幸好梅花小姐留有后手，第一时间发出了准备好的烟花信号，一场激烈的战斗打响了。
其实安排在金陵城中的蓝心，其实在拍卖会之前，使用明修栈道暗度陈仓之计，已经用计把真的昆仑日剑换了出来。现在亮杀门门主手中拿的，只是一把仿制品。
蓝心把昆仑日剑交到了梅花小姐手上，最终给到了周道儿。
周道儿凭借手中拿着的真品昆仑日剑，联手师傅心蕊斩杀了亮杀门门主。但是师傅心蕊不幸被亮杀门门主的毒蛇咬中，将不久于人世。
周道儿联合药王谷、昆仑宫、扶天帮和黑熊精一族等力量，最终将金陵城内的倭寇势力连根拔起。与此同时，中原大陆上各地武装势力纷纷响应，在半年后，倭寇在中原大陆上几乎消失殆尽，中原大陆终于恢复了安定。

在攻打金陵城的战斗结束之后，周道儿带着中毒的心蕊回到了昆仑宫。不久后心蕊毒发身亡。按照生前的遗愿，被葬在昆仑宫的后山，和其父母葬在一起。此后每年，周道儿都会来到昆仑宫祭拜心蕊一番。
周道儿辞别蒙恬，来到了药王谷。按照和梅花小姐的约定，将带着梅花小姐回到他的家乡，两个相爱的人将结为连理。
周道儿家乡，举行了盛大的婚礼。周道儿母亲看着自己的儿子成家，欣喜万分。经历过如此多的风雨，周道儿终于大仇得报，和梅花小姐过上了简单、美好的生活。